Bagajlar görece olarak çok fazla kirlenmiyor olsa da karşılaşılan özel durumlarda temizlenmesi en zor bölgelerden birisi haline gelmektedir. Özellikle bagaj içinde dökülen sıvılardan sonra temizlemek çok zor bir hale gelebileceği gibi özellikle yoğun olarak bir şey taşınan otomobiller için sıklıkla yapılan bir uygulamadır.
Bagaj temizliği birçok otomobil kullanıcısı için tekil olarak istenen bir uygulama olmamakla birlikte genellikle detaylı iç temizlik uygulama paketi içerisinde yapılan bu uygulama çok özel durumlarda tekil olarak uygulanabilmektedir.
Özellikle bagaja bir şey dökülmesi, koku oluşturabilecek bir şey taşınması, bagaj halısının altına gelen şekilde sıvı akıntısı sonrasında mutlaka detaylı olarak yapılması gereken bir uygulamadır.
Bagaj içindeki kirin durumuna göre araç içi temizleyici ya da universal temizleyici ile uygulanabilmektedir. Özel fırçalar ile temizlenen bagaj içinde çıkmayan lekeler olduğunda leke çıkarıcı da kullanılmaktadır.
